MySQL は CSV をインポートしたりエクスポートしたりできる。またバージョン 5.0 からはそのままデータテーブルとして扱ったりすることができるらしいんだけど、 CentOS-4.4 の MySQL5 では configured されてないっぽい。その内されたら試す。
SELECT * FROM table_name INTO OUTFILE 'data.txt' FIELDS TERMINATED BY ',';
LOAD DATA INFILE 'data.txt' INTO TABLE table_name FIELDS TERMINATED BY ',';
INTO の前に REPLACE とか IGNORE とかをつけると、重複キーが見つかった場合のアクションを指定できる。