Flash Player の上に css の z-index で何かをかぶせたいときは、 Flash Player に param タグで wmode っていうパラメータを指定してやらないと駄目らしい。
<object type="application/x-shockwave-flash" data="hoge.swf"> <param name="movie" value="hoge.swf" /> <param name="wmode" value="transparent"> </object>
あとは z-index で調整する。